واتساپ بیزینس در فوریه ۲۰۰۹ توسط برایان اکتون و جان کوم، کارمندان سابق یاهو تاسیس شد. یک ماه قبل، پس از اینکه کوم یک آیفون خرید، او و اکتون تصمیم گرفتند یک اپلیکیشن برای اپ استور بسازند. این ایده به‌عنوان برنامه‌ای شروع شد که وضعیت‌ها را در منوی مخاطبین تلفن نشان می‌داد و نشان می‌داد که آیا فردی در محل کار است یا در حال تماس است. گفتگوهای آنها اغلب در خانه الکس فیشمن دوست روسی کوم در غرب سن خوزه انجام می شد. آنها متوجه شدند که برای پیشبرد این ایده، به یک توسعه دهنده آیفون نیاز دارند. فیشمن از RentACoder.com بازدید کرد، توسعه دهنده روسی ایگور سولومنیکوف را پیدا کرد و او را به کوم معرفی کرد.

کوم نام این اپلیکیشن را واتس آپ گذاشت تا اصطلاحی شبیه «چه خبر» باشد. در ۲۴ فوریه ۲۰۰۹، وی واتساپ بیزینس را در کالیفرنیا تأسیس کرد. با این حال، زمانی که نسخه‌های اولیه واتس‌اپ مدام خراب می‌شدند، کوم به فکر رها کردن این کارها و جستجوی شغل جدید افتاد. اکتون او را ترغیب کرد تا «چند ماه دیگر» صبر کند. در ژوئن ۲۰۰۹، زمانی که برنامه توسط تنها تعداد انگشت شماری از دوستان روسی زبان فیشمن دانلود شده بود، اپل اعلان‌های فشاری را راه‌اندازی کرد که به کاربران اجازه می‌داد حتی در زمانی که از برنامه استفاده نمی‌کردند پینگ شوند.

کوم واتس اپ را به روز کرد تا همه افراد در شبکه کاربر در صورت تغییر وضعیت کاربر مطلع شوند. این تسهیلات جدید، در کمال تعجب کوم، توسط کاربران برای پینگ کردن “همدیگر با وضعیت‌های سفارشی جوکی مانند، “دیر از خواب بیدار شدم” یا “من در راه هستم” استفاده شد.” فیشمن گفت: “در نقطه ای به نوعی تبدیل به پیام رسانی فوری شد”. واتس‌اپ ۲/۰ که در آگوست ۲۰۰۹ برای آیفون منتشر شد، دارای یک جزء پیام‌رسانی طراحی شده بود. تعداد کاربران فعال به طور ناگهانی به ۲۵۰ هزار کاربر افزایش یافت. اگرچه اکتون روی ایده استارت آپ دیگری کار می کرد، تصمیم گرفت به این شرکت بپیوندد. در اکتبر ۲۰۰۹، اکتون پنج دوست سابق خود را در یاهو متقاعد کرد! برای سرمایه‌گذاری ۲۵۰ هزار دلاری بعنوان سرمایه گذاری اولیه، اکتون یکی از بنیان‌گذاران شد و سهامی بالا به او اعطا شد.

او در ۱ نوامبر رسما به واتس اپ پیوست. کوم سپس یک دوست در لس آنجلس به نام کریس پیفر را برای توسعه نسخه بلک بری استخدام کرد که دو ماه بعد وارد شد. متعاقبا، واتس‌اپ برای سیستم‌عامل سیمبین در ماه می ۲۰۱۰ و برای سیستم‌عامل اندروید در آگوست ۲۰۱۰ اضافه شد. در سال ۲۰۱۰ گوگل چندین پیشنهاد برای خرید واتساپ بیزینس ارائه کرد که همگی رد شدند. برای پوشش هزینه ارسال پیامک تایید به کاربران، واتس اپ از سرویس رایگان به سرویس پولی تغییر یافت. در دسامبر ۲۰۰۹ قابلیت ارسال عکس به نسخه iOS اضافه شد. در اوایل سال ۲۰۱۱، واتساپ یکی از ۲۰ برنامه برتر در فروشگاه اپل اپل(اپل استور) بود. در آوریل ۲۰۱۱، سکویا کپیتال حدود ۸ میلیون دلار برای بیش از ۱۵٪ از شرکت سرمایه گذاری کرد، پس از ماه ها مذاکره توسط شریک سکویا، جیم گاتز. تا فوریه ۲۰۱۳، واتس اپ حدود ۲۰۰ میلیون کاربر فعال و ۵۰ کارمند داشت. سکویا ۵۰ میلیون دلار دیگر سرمایه گذاری کرد و واتساپ بیزینس ۱/۵ میلیارد دلار ارزش داشت. مدتی در سال ۲۰۱۳ واتس‌اپ استارت‌آپی که در منطقه سانتا کلارا قرار داشت اسکای موبیاس، توسعه‌دهندگان ویتاک، یک برنامه تماس ویدیویی و صوتی را خریداری کرد. در یک پست وبلاگ در دسامبر ۲۰۱۳، واتس‌آپ ادعا کرد که ۴۰۰ میلیون کاربر فعال هر ماه از این سرویس استفاده می‌کنند. سال ۲۰۱۳ با ۱۴۸ میلیون دلار هزینه به پایان رسید که ۱۳۸ میلیون دلار آن زیان بود.

در ۱۸ ژانویه ۲۰۱۶، یکی از بنیانگذاران واتس اپ، جان کوم، اعلام کرد که دیگر هزینه اشتراک سالانه ۱ دلاری را از کاربران دریافت نمی کند تا مانعی را که کاربران بدون کارت پرداخت با آن مواجه هستند، برطرف کند. او همچنین گفت که این برنامه هیچ تبلیغ شخص ثالثی را نمایش نمی‌دهد و ویژگی‌های جدیدی مانند توانایی برقراری ارتباط با مشاغل خواهد داشت. در ۱۸ مه ۲۰۱۷، کمیسیون اروپا اعلام کرد که فیس بوک را به دلیل “ارائه اطلاعات گمراه کننده در مورد تصاحب واتس اپ” در سال ۲۰۱۴ به مبلغ ۱۱۰ میلیون یورو جریمه می کند.

کمیسیون گفت که در سال ۲۰۱۴ هنگامی که فیس بوک این برنامه پیام رسان را خریداری کرد، “به دروغ ادعا کرد که از نظر فنی بوده است. ترکیب خودکار اطلاعات کاربر از فیس بوک و واتساپ بیزینس غیرممکن است.” با این حال، در تابستان سال ۲۰۱۶، واتس‌اپ شروع به اشتراک‌گذاری اطلاعات کاربران با شرکت مادر خود کرده بود و اجازه می‌داد از اطلاعاتی مانند شماره تلفن برای تبلیغات هدفمند فیسبوک استفاده شود. فیس بوک نقض را تصدیق کرد، اما گفت که اشتباهات در پرونده های ۲۰۱۴ آنها “عمدی” نبوده است. در سپتامبر ۲۰۱۷، برایان اکتون، یکی از بنیانگذاران واتس‌اپ، شرکت را ترک کرد تا یک گروه غیرانتفاعی راه‌اندازی کند، بعداً به‌عنوان بنیاد سیگنال، که سیگنال رقیبی برای واتساپ بیزینس شود توسعه داد.

او یک سال بعد در مصاحبه ای با فوربز دلایل خود را برای ترک این کشور توضیح داد. واتس‌اپ همچنین یک پلتفرم تجاری آتی را اعلام کرد که شرکت‌ها را قادر می‌سازد خدمات مشتریان را در مقیاسی ارائه دهند، و خطوط هوایی کی‌ال‌ام و آیرومکزیکو مشارکت خود را در این آزمایش اعلام کردند. هر دو شرکت هواپیمایی قبلا خدمات مشتری/کسب و کار را در پلتفرم فیس بوک مسنجر راه اندازی کرده بودند. در ژانویه ۲۰۱۸، واتس‌اپ، واتساپ بیزینس را برای استفاده در مشاغل کوچک راه‌اندازی کرد. در آوریل ۲۰۱۸، یکی از بنیانگذاران و مدیر عامل واتس اپ، جان کوم، اعلام کرد که شرکت را ترک خواهد کرد. با خروج قبل از نوامبر ۲۰۱۸، به دلیل نگرانی در مورد حفظ حریم خصوصی، تبلیغات، و کسب درآمد توسط فیس بوک، اکتون و کوم ۱/۳ میلیارد دلار از گزینه های سهام سرمایه گذاری نشده را کنار گذاشتند.

فیس بوک بعداً اعلام کرد که جانشین کوم کریس دنیلز خواهد بود. در ۲۵ نوامبر ۲۰۱۹، واتس‌اپ سرمایه‌گذاری ۲۵۰ هزار دلاری را از طریق شراکت با استارتاپی هندی برای ارائه ۵۰۰ استارت‌آپ با اعتبار تبلیغات فیسبوک به مبلغ ۵۰۰ دلار برای هر کدام اعلام کرد. در دسامبر ۲۰۱۹، واتس‌اپ اعلام کرد که به‌روزرسانی جدید، کاربران اپل را که به iOS 9 یا بالاتر به‌روزرسانی نکرده‌اند و کاربران سامسونگ، هوآوی، سونی و گوگل که به نسخه ۴/۰ به‌روزرسانی نکرده‌اند، تا اول فوریه ۲۰۲۰ قفل می‌کند. این شرکت همچنین گزارش داد که سیستم عامل های ویندوز فون پس از ۳۱ دسامبر ۲۰۱۹ دیگر پشتیبانی نمی شوند. واتس اپ به عنوان سومین اپلیکیشن تلفن همراه با بیشترین دانلود در دهه ۲۰۱۰ اعلام شد.

پس از ماه ها در مرحله بتا، اولین نسخه رسمی واتس اپ برای iOS در نوامبر ۲۰۰۹ راه اندازی شد. در ژانویه ۲۰۱۰، پشتیبانی از گوشی های هوشمند بلک بری اضافه شد. و متعاقباً برای سیستم عامل سیمبین در می ۲۰۱۰، و برای سیستم عامل اندروید در آگوست ۲۰۱۰. در آگوست ۲۰۱۱، یک نسخه بتا برای سیستم عامل غیرهوشمند سری ۴۰ نوکیا اضافه شد.

یک ماه بعد، پشتیبانی از ویندوز فون اضافه شد و به دنبال آن بلک‌بری ۱۰ در مارس ۲۰۱۳ عرضه شد. در آوریل ۲۰۱۵، پشتیبانی از سیستم عامل تایزن سامسونگ اضافه شد. قدیمی ترین دستگاهی که قابلیت اجرای واتساپ بیزینس را داشت، نوکیا N95 مبتنی بر سیمبین بود که در مارس ۲۰۰۷ منتشر شد، اما پشتیبانی بعداً متوقف شد. در آگوست ۲۰۱۴، واتساپ بیزینس به‌روزرسانی‌ای را منتشر کرد که از ساعت‌های هوشمند Android Wear پشتیبانی می‌کرد.

در ۲۱ ژانویه ۲۰۱۵، واتس‌آپ وب راه اندازی شد، یک سرویس گیرنده وب مبتنی بر مرورگر که می توانست با همگام سازی با اتصال دستگاه تلفن همراه استفاده شود. در ۲۶ فوریه ۲۰۱۶، واتساپ اعلام کرد که پشتیبانی از بلک‌بری (از جمله بلک‌بری ۱۰)، نوکیا سری ۴۰، و سیمبین S60، و همچنین نسخه‌های قدیمی‌تر اندروید(۲/۲)، ویندوز  را متوقف می‌کند. و iOS، تا پایان سال ۲۰۱۶. پشتیبانی بلک بری، نوکیا سری ۴۰ و سیمبین سپس تا ۳۰ ژوئن ۲۰۱۷ تمدید شد. در ژوئن ۲۰۱۷، پشتیبانی از بلک بری و نوکیا سری ۴۰ یک بار دیگر تا پایان سال ۲۰۱۷ تمدید شد، در حالی که سیمبین حذف شد. پشتیبانی از بلک بری و نسخه‌های قدیمی‌تر (نسخه ۸/۰) ویندوز فون و دستگاه‌های iOS قدیمی‌تر (نسخه ۶) در ۱ ژانویه ۲۰۱۸ حذف شد، اما برای نوکیا سری ۴۰ تا دسامبر ۲۰۱۸ تمدید شد. در جولای ۲۰۱۸، اعلام شد که واتس اپ به زودی برای گوشی های ویژگی کای‌او‌اس در دسترس خواهد بود.